Si posees un servicio de VPS o un Servidor Dedicado, existen varios comandos que puedes ejecutar (como root) desde la consola de linux (o utilizando el programa putty), pasaré a explicar para que sirve cada uno:

netstat -antu | awk '{print $5}' | cut -d: -f1 | sort | uniq -c | sort -n

Este comando te dirá la cantidad de conexiones que hay en tu servidor (desde o hacia) y las ordenará de menor a mayor. Es muy útil para controlar o descubrir si existe una IP atacante o sospechosa en el servidor.

ps aux | awk '{print $11}' | sort | uniq -c | sort -n

Este comando te mostrará un listado de procesos en el servidor, al igual que el anterior los contará y agrupará de mayor a menor. Es útil para saber si algún servicio esta siendo abusado, por ejemplo si tu servidor esta sobrecargado y tienes corriendo más de 60 procesos de exim es muy probable que se deba a esto y con reiniciar ese servicio se normalice un poco.

mysqladmin processlist | awk '{print $4}' | sort | uniq -c | sort -n

Este, al igual que los anteriores, muestra, suma y cuenta la cantidad de accesos al MySQL. Puede que no se vea del todo bien por el formato del output (aparecen algunos guiones o caracteres extraños que no ayudan), pero es muy útil para encontrar si algún usuario o base de datos causa problemas en el servidor.

ps aux | more

Este comando, te mostrará todos los procesos que se están ejecutando en el servidor, puedes ir pasando entre ellos con la barra espaciadora o con [enter].

exiqgrep -o 259200 -i | xargs exim -Mrm

Con este comando, eliminarás automáticamente todos los emails en la cola de espera que tengan más de 3 días (72 horas, 259200 segundos). Es muy factible que si un email no se pudo enviar luego de 3 días, no se envíe tampoco en el 4º día, de modo que es mejor liberar la cola de emails para que el servidor no se sobrecargue con estos emails viejos.

exim -bp | exiqsumm | sort -n

Este comando nos mostrará toda la cola de espera, ordenada por cantidad de emails de cada dominio. Es útil para detectar si algún dominio está realizando spam o si muchas de sus cuentas estan fallando (por falta de espacio o algún otro conflicto) dado que al no llegar a su cuenta, estos emails quedan en la cola de espera. Lo mismo si envía miles de emails, estos se acumulan a medida que el servidor no puede enviarlos en simultáneo y pueden sobrecargar al servidor.